2008년 7얼 29일부터 2009년 11월 24일까지 철도공사와 철도노동조합는 단체협약 갱신을 위한 단체교섭을 진행했다. 단체교섭 진행 기간, 철도공사는 정원 5,115명을 감축하는 '철도선진화 계획'을 수립하고, 2009년 4월, 이사회에서 해당 안을 의결한다. 이에 노조는 대의원대회를 통해 선진화정책 저지 및 공공성 강화 등을 투쟁과제로 정하고 정부교섭을 요구했다. 파업예고와 함께 쟁의찬반투표를 통해 파업을 결의했다. 상급단체 및 연대단위와 공동투쟁본부를 설치하고 예고대로 2009년 11월 출정식, 지역별 순환파업을 진행했다. 2009년 11월 12일부터 24일까지 4차례 단체교섭을 진행했으나 결렬되었고, 사측이 단체협약 해지를 통보하며 2009년 11월 26일부터 12월 3일까지 전면파업을 실시했다.  이에 공사는 파업 목적의 정당성이 인정되지 않는 불법쟁의행위라고 주장하며 업무방해 등을 사유로 70억원의 손해배상을 청구했다. 노조는 필수유지업무를 위한 인원을 배제한 후 파업을 진행했으므로 적법한 쟁의행위라고 반박했다. 소제기 5년만인 2016년 12월 1일 1심이 선고됐다. 서부지방법원 제11민사부 재판부는 원고일부승소로 5억 9천만원을 배상할 것을 선고했다. 재판부는 '공기업의 민영화는 고도의 경영상 결단에 속하는 사항'이라며 쟁의행위의 목적의 정당성을 인정하지 않았다. 다만 노사대화의 책임을 져버리는 등 철도공사 측의 책임도 있다고 판단해 손해액의 60%로 책임을 제한했다. 손해액 산정에 있어 '전면파업'으로 인해 인건비 절감 등 공사가 손해보다 이득을 보았다고 판단했다. '순환파업'에 대한 부분만 손해로 인정했다. 1심 판결에 노사 모두 불복하여 항소했다. 지연이자만 15%로 노조는 조합원 모금 등을 통해 1심 선고금을 우선 변제했다. 2018년 신임 사장이 취임한 뒤 외부위원으로 구성된 철도발전위원회를 출범했다. 2018년 5월 철도발전위원회는 ‘대립적 노사관계의 상흔치유’를 권고하면서 해고자, KTX승무원, 징계, 손배문제 등에 있어 전향적 해결을 철도공사에 요구했다. 이후 철도발전위원회는 2018년 6월 8일 본 소송에 대해 노사에 쌍방 소취하를 권고했다.  철도발전위원회의 권고를 받아들여, 2018년 7월 31일 본 소송은 법원 강제조정으로 종결됐다.